A település első említése 1257-ből való Cheztregh néven. A térségben csak itt volt átkelési lehetőség a mocsaras Kerka környékén, így hamar központi jelentőségre tett szert, 1322-ben már vámot is szedtek a folyón átkelőktől. Temploma 1334-től ismeretes. A település urai a Bánffyak voltak, a birtok személyzete nagyrészt a csesztregi lakosságból tevődött ki.

1469-ben mezővárosi rangot kapott a település, amely fényében megindult a polgárosodás. Iparosok, kézművesek költöztek Csesztregre, sőt több itteni fiatal külföldi egyetemeken folytatott tanulmányokat. Saját tanítóval a 17. századtól rendelkezik a település.

1690-ben az Esterházyak szerezték meg Csesztreget, amely a 19. század elején újból komoly fejlődésen ment keresztül. 1871-ben azonban elvesztette városi rangját, a fejlődése lelassult. Majd az 1890-ben elkészült Zalaegerszeg–Lenti–Csáktornya vasútvonal is elkerülte a települést, így jelentősége csökkent. Mindazonáltal a 20. században megint a térség központjává vált.

1942-ben hozzácsatolták Kerkaújfalut.